有機肥料含有植物需要的大量營養(yǎng)成分，對植物的養(yǎng)分供給比較平緩持久，有很長的后效。有機肥料還含有多種微量元素。由于有機肥料中各種營養(yǎng)元素比較完全，而且這些物質完全是無毒、無害、無污染的自然物質，這就為生產高產、優(yōu)質、無污染的綠色食品提供了必須條件。有機肥料含有多種糖類，施用有機肥增加了土壤中各種糖類。有了糖類，有了有機物在降解中釋放的大量能量，土壤微生物的生長、發(fā)育、繁殖活動就有了能源。
施用有機肥料的優(yōu)越性和存在問題，為了使綠色食品的生產有足夠數量的符合要求的有機肥料，必須做好如下幾個方面。
1.為了保證有充足的有機肥源，首先要把現有的有機肥資源利用好，大量積制農家肥，特別要杜絕隨處試棄畜禽糞便，曬糞干和焚燒秸稈的現象。
2.有機肥材料的收集主要是人畜禽的排泄物、餅粕、食品加工的下腳料、秸稈、泥炭、山青、湖草等。
3.有機肥的加工有多種方式（現代化機械設備對生產有機肥料起到了重要的作用），生產的各類有機肥料要符合標準。 有機肥一般用作基肥。各地可根據不同土壤肥力，不同作物，不同的肥料質量來確定施肥量。目中國農村的有機肥用量在304噸/畝。餅肥對提高西瓜、煙草、水果、蔬菜的品質有很好的作用。生產綠色食品可適當多用餅肥。腐熟的，達到無害化要求的沼氣肥水，人畜糞尿可作追肥，嚴禁在蔬菜等作物上澆不腐熟的人糞尿。
1.制作農家肥的原料都是自然產物，有害重金屬含量很微，不可能造成重金屬為害。關鍵在于收集有機肥材料時，防止含有重金屬的材料混入。
2.根據各地的自然條件和種植制度，選用適宜的綠肥品種，大力發(fā)展綠肥，合理科學地利用綠肥。
3.發(fā)展生態(tài)農業(yè)，創(chuàng)造良好的生態(tài)環(huán)境。遵循生態(tài)規(guī)律，創(chuàng)造良好的生態(tài)環(huán)境是生產綠色食品必不可少的條件。生態(tài)農業(yè)具有綜合經營和農業(yè)資源多重利用的特點，能夠避免以至消除惡性循環(huán)，消除污染，促進良性循環(huán)，獲得良好的經濟、環(huán)境和社會效益。有機物質循環(huán)貫穿整個生態(tài)農業(yè)。
4.要合理施用化肥施用化肥能有效地增加作物產量。但使用不當，則容易污染環(huán)境。中國生產的氮磷鉀化肥比例嚴重失調。
化學氮肥的利用率只有約30%，大約70%的氮素隨地表徑流等途徑損失了�；瘜W磷鉀肥的利用也只有大約35%左右。
因此化肥對環(huán)境的污染是相當嚴重的。反映在地表水的氮磷養(yǎng)分富集，地下水及食品中的硝酸鹽超標等。要防止化肥的污染，又要保證作物高產，
關鍵在于大量增加有機肥用量，合理控制化肥施用量，調節(jié)氮磷鉀化肥比例，實行化肥深施等措施。
