當(dāng)然，微生物聚集最多的地方還是土壤，那里為微生物生長提供了所需要的各種基本要素，而且還具有保溫性能好、緩沖性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)，因此，土壤是微生物的大本營，是人類最豐富的菌種資源庫。土壤中尤以細(xì)菌最多，約占土壤微生物總量的70-90%。土壤中不同類型的細(xì)菌有不同的作用。有的能夠固定空氣中的氮元素，合成細(xì)胞中的蛋白質(zhì)；有的能夠分解農(nóng)作物的秸桿，它們大多是異養(yǎng)菌。除了細(xì)菌以外，土壤中數(shù)量較多的其它微生物是放線菌（抗生素的主要產(chǎn)生菌）和真菌，而藻類和原生動(dòng)物等較少。土壤微生物是構(gòu)成土壤肥力的重要因素。

　　細(xì)菌

　　在好氧堆肥系統(tǒng)中，存在著大量的細(xì)菌。細(xì)菌憑借大的比表面積，可以快速將可溶性底物吸收到細(xì)胞中。所以堆肥過程中，細(xì)菌在數(shù)量上通常要比體積更大的微生物（如真菌）多得多。當(dāng)然，在不同的環(huán)境中分離的細(xì)菌在分類學(xué)上具有多樣性，主要有假單胞菌屬（pseudomonas）、克雷伯氏菌屬（klebsiella）以及芽孢桿菌屬（bacillus）的細(xì)菌。在堆肥過程中，細(xì)菌總數(shù)的變化趨勢是高-低-高。堆肥初期，有機(jī)廢物中攜帶有的大量細(xì)菌分解有機(jī)物質(zhì)釋放能量，使堆體溫度上升，此時(shí)，常溫細(xì)菌受到抑制，嗜溫細(xì)菌活躍；當(dāng)堆溫升至高溫階段，只有少量的嗜熱細(xì)菌可以活動(dòng)；高溫期過后，隨著有機(jī)成分的減少，堆體溫度降低，嗜溫及常溫細(xì)菌又開始活躍，使細(xì)菌總數(shù)上升。整個(gè)好氧降解過程中，嗜溫細(xì)菌是堆肥系統(tǒng)中最主要的微生物。

　　放線菌

　　放線菌具有多細(xì)胞菌絲，可以分解一些纖維素,并溶解木質(zhì)素。它比真菌能夠忍受更高的溫度和pH值,在垃圾生物降解的高溫階段是分解木質(zhì)纖維素的優(yōu)勢菌群。研究表明，諾卡氏菌（nocardia）、鏈霉菌（streptomyces）、高溫放線菌（thermoactinomyces）和單孢子菌（micromonospora）等在MSW好氧堆肥中占優(yōu)勢。

　　真菌

　　在好氧堆肥系統(tǒng)中，真菌對垃圾有機(jī)成分的分解和穩(wěn)定化起著重要的作用。真菌不僅能分泌胞外酶，水解有機(jī)物質(zhì)，而且由于其菌絲的機(jī)械穿插作用，還對物料起一定的物理破壞作用，促進(jìn)生化反應(yīng)。溫度是影響真菌生長的重要因素之一，堆肥過程中隨著溫度的升高,真菌的菌落數(shù)開始減少,在64℃左右,嗜熱性真菌幾乎全部消失。當(dāng)溫度下降到60℃以下時(shí),嗜溫性真菌和嗜熱性真菌又都會(huì)重新出現(xiàn)在堆肥中。